Embora não haja cura definitiva, o tratamento tem como objetivo controlar os sintomas, reduzir a inflamação e remissão endoscópica. Existe hoje um arsenal de medicações que temos disponíveis para tratamento como corticoides, imunossupressores, agentes biológicos (anti-TNF, anti-integrinas, anti-interleucinas, entre outros), e micromoléculas como inibidores da JAC. Importante adequação alimentar e dieta personalizada e, em alguns casos, podem ser necessários procedimentos cirúrgicos.